《意见》明确，普通跨区域案件协作办理，重大跨区域生态环境保护案件会商和联合办理。对于普通跨区域案件，在开展异地当事人询问、异地调查取证、异地委托鉴定等方面相互协作。对于重大跨区域案件，由发现线索的检察机关先行调查，同时联系接壤检察机关相互配合，本着有利于案件办理和环境修复的原则协商管辖。

《意见》要求，两地检察机关要主动向党委、政府、人大汇报跨区域生态环境和资源保护公益诉讼检察工作和案件办理情况，争取党委、政府和社会各界的支持配合。加强与行政机关衔接配合，促进形成区域内齐抓共管的生态环境治理格局。